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1.液相系統沒有平衡好，柱子里的流動相一直在變化，在檢測器里面的吸收就會一直變化，導致基線波動的發生；梯度時如果其實比例的流動相平衡時間過短也會造成基線波動；
2.實驗室環境不穩定（比如溫度忽高忽低，氣流不斷變化等），這對于沒有柱溫箱或只有單向溫度變化的HPLC儀器的影響尤其明顯；即使有比較好的柱溫箱時，也要注意別讓空調的出風口一直對照儀器吹，那樣基線也可能會波動；此外實驗室有電磁干擾時，也有可能會導致此問題的發生；
3.檢測器的流通池被污染，造成吸收的不恒定，此時需要清洗流通池；
4.檢測器燈能量不足時，吸收會變得不穩定，這時基線一般也不穩定，特別是在低波長處尤為明顯；
5.當使用低波長檢測時，有時流動相會使用兩相或以上的等度，這時混合器的很小的混合比例的誤差都會被放大，很有可能會使基線發生波動，這時將流動相按比例混合到一個通道里時，一般都會使情況改善很多；
6.流動相里的有機相的截止波長要大于檢測波長20nm以上，這一點切記，比如甲醇的截止波長是210nm，乙腈是190nm。當使用230nm以下的檢測波長時，如果條件允許，使用乙腈，可以避免基線波動，其余類推；
7.儀器出現問題也會造成基線波動，比如(1)流動相過濾頭堵塞、入口主動閥濾芯污染、單向閥被污染物堵塞、泵頭有氣泡、比例閥出故障、系統流路漏液，比如管路裂開、peek接頭沒*連上色譜柱而導致的泄露等；
8.沒有脫氣機的儀器，當流動相未脫氣或脫氣未*時，基線也會波動；有脫氣機的每次使用前都要檢查一下是否正常工作；
9.當大家使用梯度作為組分洗脫方式的時候，有條件的使用超純水，磷酸鹽、三乙胺等固體液體加入試劑也使用HPLC級別的，因為在梯度中隨著有機相（洗脫力較強）的不斷增加，流動相系統里的雜質會在基線上反映出來，導致出現鬼峰或基線波動；
10.流動相中的有機相和緩沖液的比例一定要注意調配好，緩沖液的比例不能過大，要不然會出現緩沖鹽在柱子里析出的情況，這樣不但會造成基線波動的發生，甚至會造成色譜柱毀壞；
11.當色譜柱被污染時，也會造成基線波動，這里尤其要注意的是大家在做合成中控實驗的時候，不要用合成的原始反應液直接進樣，因為原液里面有很多非極性或極性很小的化合物，一旦進入到反相色譜柱里和非極性的C18發生相互作用，很可能就洗脫不下來使色譜柱變性或者慢慢的被洗脫下來，造成以后的分析出現不穩定的鬼峰或者基線波動；
12.一些比較老的液相儀對電壓要求很高，電壓有點起伏檢測器就會反映教明顯，比如老的惠普和島津等儀器，這時需要配一個穩壓電源來解決此問題；此外儀器和電腦之間連接的數據線出問題或老化也可能會使基線波動。
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